大致有两个原因：
1、一种就是上面大家说的，在最后完成时的校验过程中，发现个别块有问题需要重下，但是这时又没有理由将百分比从99.9%倒回去（特殊情况文件损坏的除外），于是就卡在这里，等下完。如果是媒体格式，如视频，可以手动停止，然后改扩展名，基本不影响使用。但如果是二进制文件，如程序，压缩包等，就有很大风险，改完后不能运行和解压。
2、第二种情况，近两年经常遇到，就是所谓的“反吸血”限制。因为迅雷除了自己的协议外，还兼容了bit torrent和电驴的ed2k协议，同时还支持磁力链接和普通的http协议，所以对于同一个资源，迅雷可以利用他的规模优势，从这些源那里同时获取，但是，电驴和bt的客户端却无法获取迅雷自己的协议的那部分源。并且，用迅雷客户端下载完电驴和bt资源后，bt和电驴的分享就会被关闭，只能分享给其他迅雷用户，而不会分享给下载这个文件的电驴和bt用户。基于这个原因，一些坚持各出所有，各取所需的电驴和bt分享者就采取了一些技术手段进行反制。最后效果就是，使用迅雷的用户，在下载电驴和bt资源时，无法在第一次下载时就得到全部的文件块，总是留一手，强迫他一直开着下载，也就是一直开着分享，达到为电驴和bt“做种”的目的。
解决办法：看到这种情况（99%）持续一段时间后，手动暂停再继续下载，你会立刻听到，Ding！
3、使用离线下载似乎能够在一定程度上避免这种情况，原理大概是迅雷的服务器事先替你下载并保存在他自己的临时空间了。
4、迅雷即使资源下完了，只要文件还在下载目录中，就会在需要时上传，想要关闭上传，需要手动设置或者将文件移走，所以不会是因为迅雷想要强迫你上传而这么做。
其他原因：还有很多其它因素也会导致下载卡住，但是发生的几率不高。
1、关于文件损坏的问题，我自然也遇到过不少，但几乎没有停在99.9%的，毕竟损坏的文件位置，大小都是随机的。而且假如真的是文件损坏导致卡99%，那在下载者这边除了去找原资源发布者之外也根本没有什么解决办法，所以可以不讨论了。
2、还有一种比较好玩的情况，也会导致卡99%：
基于P2P下载模式的特点，原始分享者是不必永远保持他的文件处于上传状态的，大部分个人分享者也只是“出种即撤”，出种，可以理解为这套文件中的任何一个部分在当前的P2P网络中至少在一台客户端上存在。
网上下载的典型文件集中有多个视频文件，还有几张图片，通常还有些txt，link文件之类特别小的，而现在的下载软件都很智能，可以自动去除这些小文件的勾选，当然很多老司机也会手动这么干。
上述两个事实会导致这样的情形：当你在下载一个比较老的资源时，可能勾选了一个小文件（例如封面图片等），而原分享者已经撤种，这个文件可能所有人下载时都没有勾选，或者勾选下载的人太少了，以至于你这里一个都没有成功连接到。最后其他文件都下载完了，但这个文件始终无法开始，总下载进度卡在99%。
解决方法：去下载文件夹里看一眼，主体下载完成了的话，有些图片该放弃就放弃吧。
以上便是为什么迅雷下载总是卡在99.9%的绝大部分原因了，实际上对于使用离线下载的用户来说是不存在这个问题的。所以如果是迅雷会员的话建议将资源离线到自己的空间然后下载即可。